Θεματικές Ενότητες
Με την τελευταία αναμόρφωση του Προγράμματος Σπουδών (Γενική Συνέλευση της 27ης Μαΐου 2008), ένα μέρος των προσφερόμενων κατ' επιλογήν υποχρεωτικών μαθημάτων εντάχθηκε σε τέσσερεις Θεματικές Ενότητες:
Θ.Ε. Α: Θαλάσσιο Περιβάλλον και Αλληλεπίδραση με Πλοία και Πλωτά Μέσα
Στοιχεία Μελέτης και Σχεδίασης Πλωτών Κατασκευών - 8ο Εξάμηνο
Ευστάθεια Πορείας και Ελικτικότητα Πλοίου - 8ο Εξάμηνο
Υπολογιστική Υδροδυναμική και Εργαστήριο - 8ο Εξάμηνο
Συμπεριφορά Πλοίου σε Κυματισμούς και Εφαρμογές - 8ο Εξάμηνο
Αγκυρώσεις Πλωτών Κατασκευών - 9ο Εξάμηνο
Υδροδυναμική Σχεδίαση Μικρών Σκαφών - 9ο Εξάμηνο
Ευστάθεια Διατοιχισμού και Υπόβαθρο Κανονισμών - 9ο Εξάμηνο
Κυματικά Φαινόμενα στο Θαλάσσιο Περιβάλλον - 9ο Εξάμηνο
Μαθηματική Μοντελοποίηση Ροών με Άνωση - 9ο Εξάμηνο
Θ.Ε. Β: Μελέτη, Σχεδίαση και Κατασκευή Πλοίων και Πλωτών Μέσων
Θέμα Μελέτης και Σχεδίασης Πλοίου ΙΙα - 8ο Εξάμηνο
Ανάλυση και Σχεδίαση Σκαφών από Σύνθετα Υλικά - 8ο Εξάμηνο
Επιστήμη και Τεχνική των Συγκολλήσεων - 8ο Εξάμηνο
Μελέτη και Σχεδίαση Πλοίου με τη Βοήθεια Υπολογιστή - 9ο Εξάμηνο
Θ.Ε. Γ: Ναυτική Μηχανολογία και Πρόωση Πλοίου
Ναυτικοί Κινητήρες Diesel - 8ο Εξάμηνο
Εργαστήριο Ναυτικής Μηχανολογίας Ι - 8ο Εξάμηνο
Υδροδυναμική Σύγχρονων Συστημάτων Πρόωσης Πλοίου - 8ο Εξάμηνο
Ειδικά Συστήματα Ελέγχου Πλοίου - 8ο Εξάμηνο
Καύση - 9ο Εξάμηνο
Θ.Ε. Δ: Λειτουργία Πλοίου και Διοίκηση Συστημάτων Θαλασσίων Μεταφορών